פרוייקטים מיוחדים כוללים עבודות מחקר וייעוץ ייחודיות ומורכבות, המשקפות את היכולת המגוונת של חברת מטאו-טק לעסוק בתחומי סביבה נרחבים ואת האינטגרציה הקיימת בחברה בין פעילותה בתחום המטאורולוגיה והפעילויות במסגרת המחלקה לאיכות האוויר.
פרוייקט הדגל של מחלקת איכות האוויר במטאו-טק הינו פרוייקט מטעם המשרד לאיכות הסביבה "יעדי הפחתה לאומיים של זיהום אוויר בישראל" במסגרתו הוכן מצאי פליטות הסטורי עבור ישראל, משנת 1990 עד שנת 2002 ומצאי פליטות חזוי עד שנת 2010 ,על פי מספר תרחישים אפשריים. הפרוייקט כולל בין היתר, ניתוחי עלות/ תועלת של מימוש התרחישים המובילים להפחתת הפליטות.
פרוייקט נוסף הנכלל תחת כותרת הפרוייקטים המיוחדים הינו ייעוץ לפרוייקט מתמשך לניהול משאבי אוויר בישראל. פרוייקט זה מתבצע מטעם המשרד לאיכות הסביבה ומטרתו בין היתר, חיזוי רציף של איכות האוויר בישראל, ברזולוציה גאוגרפית גבוהה.